A empresa está obrigada a elaborar a DFC? Se estiver, mesmo sem movimento, entendo que deve ser elaborada uma DFC com saldo inicial e final do caixa sem variação do mesmo. (O que acho difícil de ocorrer em uma empresa que está obrigada a elaborar esta demonstração).
A restrição para retificação de ECD se restringe a erros/omissões que possam ser corrigidos por lançamentos de ajustes em exercícios posteriores. Entendo que no seu caso seria possível retificar a ECD, pois você não vai alterar os lançamentos, nem tampouco as demonstrações já entregues, mas vai apenas incluir uma demonstração que ficou omissa.
Para fazer a retificação você precisa redigir o termo de verificação, esclarecendo os registros do arquivo que serão retificados/incluídos, anexar na declaração, e se não me engano, outro contador e/ou auditor também precisa assinar a ECD retificadora. Entretanto, recomendo a consulta ao manual sped.rfb.gov.br).pdf