VENDAS FILIAL - FATURAMENTO FILIAL - RECEBIMENTO MATRIZ

Faço vendas através do Mercado Livre FULL (Filial dentro do CD do Mercado Livre) e Gostaria de uma opinião para tentar entender se a operação está correta ou não.

Possuo uma empresa com MATRIZ-BA, desde 2018 a pedido do Mercado Livre, abrimos a FILIAL-SP.
Por motivos logísticos e comerciais, todas as vendas do site são realizadas através da FILIAL-SP.

Todas as NFs das vendas são geradas com o CNPJ da FILIAL-SP.
Porém a conta foi criada no Mercado Livre com o CNPJ da MATRIZ-BA então o DIMP que o Mercado Livre disponibiliza, é com informativo de pagamentos para a MATRIZ-BA.

Essa operação está correta? Ou posso ter problema com o FISCO?

Se as mercadorias faturadas pela filial SP, saem também de SP com a tributação adequada inclusive Difal mesmo em vendas, inclusive, para a BA, , o pagamento efetuado junto à Matriz não gera nenhum problema.

Salvador Cândido Brandão, primeiramente, agradeço a resposta.

Sim, as mercadorias estão e saem de SP.

A SEFAZ não tem o mesmo entendimento. Informam que o pagamento do MERCADO PAGO deveria ser realizado para a FILIAL-SP, visto que todas as vendas foram realizadas na FILIAL-SP.

E o entendimento deles está dobrando meu faturamento, pois nós declaramos todas as vendas do mês informando as NF da FILIAL-SP, por exemplo 10K por mês, e a SEFAZ está adicionando os valores informados da DIMP, mais 10K por mês para a MATRIZ-BA. 

Agradeceria muito a sua ajuda. Com base em que, você tem esse entendimento?

No Icms/ipi vigora o princípio da autonomia dos estabelecimentos.
O recebimento por uma conta bancária de titularidade de matriz, não exige nenhuma informação desta para o Fisco da Bahia.
A Petrobrás teve, por um tempo, todo o seu financeiro transferido para a Bahia e nem por isso todas os estabelecimentos faziam sua operações.

Salvador Cândido Brandão Desculpa a insistência, mas queria ter uma certeza do seu entendimento.

O problema que a SEFAZ alega, não é o dinheiro ser recebido por uma conta bancária da MATRIZ-BA, o problema é a DIMP do Mercado Livre que informa todos os pagamentos ao CNPJ da MATRIZ-BA e não da FILIAL-SP.

O Mercado Livre já me informou que está fazendo a DIMP de maneira correta, mas não me passa uma base legal para que eu possa questionar a SEFAZ.

Gustavo,  o convênio 134 2016, com todas as alterações,  diz que as informações devem ser prestadas em relação a cada estabelecimento. 
Então,  o mercado pago está interpretando erroneamente o texto.
Eles deveriam informar o pagamento na filial, pois as notas fiscais etc indicadas na Dimp são da filial.
Vc deve insistir para que seja feito desta forma.
Obs.
O convênio 134 está aguardando julgamento de inconstitucionalidade no STF.