É um tema complexo, e bem amplo quando se lida com estas contribuições na prática.
Vamos aos conceitos básicos e gerais:
PIS
Programa de Integração Social, mais conhecido como PIS/PASEP ou PIS, é uma contribuição social de natureza tributária, devida pelas pessoas jurídicas, com objetivo de financiar o pagamento do seguro-desemprego e do abono para os trabalhadores que ganham até dois salários mínimos.
Quando foi instituído, o PIS tinha a finalidade de promover a integração do empregado na vida e no desenvolvimento das empresas, viabilizando melhor distribuição da renda nacional.
Mais informações: PIS - PROGRAMA DE INTEGRAÇÃO SOCIAL
COFINS
Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (COFINS) é uma contribuição federal, de natureza tributária, incidente sobre a receita bruta das empresas em geral, destinada a financiar a seguridade social.
Mais informações: COFINS – CONTRIBUIÇÃO PARA O FINANCIAMENTO DA SEGURIDADE SOCIAL
Qto a aplicações especificas do PIS/COFINS sobre determinado regime de tributação, produto, operação, etc., eu sugiro pesquisar no fórum os tópicos relacionados aos respectivos assuntos.