Pela que consta na legislação a entidade que tem algum Termo de parceria com poder publico tem sim a obrigatoriedade de auditoria independente conforme disposto no § 2o do artigo 19 do DECRETO No 3.100, DE 30 DE JUNHO DE 1999 transcrito abaixo:.
"Art. 19. A Organização da Sociedade Civil de Interesse Público deverá realizar auditoria independente da aplicação dos recursos objeto do Termo de Parceria, de acordo com a alínea "c", inciso VII, do art. 4o da Lei no 9.790, de 1999, nos casos em que o montante de recursos for maior ou igual a R$ 600.000,00 (seiscentos mil reais).
§ 1o O disposto no caput aplica-se também aos casos onde a Organização da Sociedade Civil de Interesse Público celebre concomitantemente vários Termos de Parceria com um ou vários órgãos estatais e cuja soma ultrapasse aquele valor.
§ 2o A auditoria independente deverá ser realizada por pessoa física ou jurídica habilitada pelos Conselhos Regionais de Contabilidade.
§ 3o Os dispêndios decorrentes dos serviços de auditoria independente deverão ser incluídos no orçamento do projeto como item de despesa.
§ 4o Na hipótese do § 1o, poderão ser celebrados aditivos para efeito do disposto no parágrafo anterior."