Eduardo,
Antes de Auditar é preciso ter controle interno. Ele é a base para montar seu programa seu trabalho.
O assunto é extenso, vou Mandar algumas dicas que acho importante em controle interno.
1ª ) Acessibilidade e Custódia: Acesso apenas do pessoal que trabalha diretamente no setor. Coloque Placa para os desavisados.
2ª) Ordem: Retirada somente com requisição assinada e aprovada por responsável do setor. Senão vira casa da mãe Joana.
3ª) Index: Havendo sistema computadorizado, apenas acesso direto do responsável ao cadastramento, entrada e baixa do material. Movimentação somente após a alimentação do sistema. Isto tem que ser rápido para não engessar o Setor.
4ª) Disposição: Arrumar os itens nas prateleiras de acordo a movimentação com placas indicativas. Deixar melhor acessível àqueles de saída mais rápida para se evitar morosidade no atendimento. Ajuda também como mitigadora em esforço físico desnecessário.
5ª) Usar o método PEPS: Primeiro que entra primeiro que sai.
6ª) Usar método ABC para Auxiliar o Setor de Compras: A (mais saída). B(Média Saída) e C(Pouca saída ou nula).Importantíssima esta interface.
7ª) Inventário Mensal para cotejar Físico X Gerencial, preferencialmente em dia que não haverá expediente. Se não for possível, faça anúncio geral que naquele dia o almoxarifado estará fechado para inventário e neste caso todos deve antecipar os pedidos. Estabeleça um nível de Acuracidade (percentual de desvio do controlado no sistema X Físico) para saber se não há "subtratores do alheio".
8º) Estabeleça estoque mínimo de reposição.
Uma vez implementado, faça os procedimentos de "incertas", aparecendo de "surpresa", sem anúncio prévio para fazer o seu trabalho.