Bom dia, há impedimentos sim.
Na NBC PP 01, no seu art. 2°:
2.3.3. IMPEDIMENTO LEGAL
2.3.3.1.O perito-contador, nomeado, contratado ou escolhido deve se declarar impedido quando não puder exercer suas atividades com imparcialidade e sem qualquer interferência de terceiros, ocorrendo pelo menos uma das seguintes situações:
c) tiver cônjuge ou parente seu, consanguíneo ou afim, em linha reta ou em linha colateral até o terceiro grau, postulando no processo;
d) tiver interesse, direto ou indireto, mediato ou imediato, por si, por seu cônjuge ou parente, consangüíneo ou afim, em linha reta ou em linha colateral até o terceiro grau, no resultado do trabalho pericial;
Espero ter ajudado!
Fonte: http://portalcfc.org.br/wordpress/wp-content/uploads/2012/12/NBC_PP_01.pdf