Ana,
Complementando a resposta do colega.
Ainda, sobre os cruzamentos o que é realizado de imediato são as informações com o fisco estadual, ou seja, se sua empresa for do ramo comercial as Secretarias da Fazenda possuem um sistema automático de recepção de xml por CNPJ ou seja, toda e qualquer nota fiscal emitida pelo seu CNPJ ou recebida por ele constará na base de dados da receita estadual. Portanto, a não escrituração poderá gerar penalidades além das federais informadas pelo colega cima, também as penalidades estaduais e se for o caso as municipais por omissão de escrituração bem como a omissão da entrega das eventuais obrigações acessórias.
E então, o que fazer?
Se sua empresa for do simples nacional e essas notas referirem-se a entradas, basta tu escriturar no mês correto antes do fechamento das demonstrações contábeis (sabemos que na prática os balanços desses regimes são feitos em datas não fixas), pois, assim caso a Sefaz solicite os livros fiscais de entradas (o que a depender do estado é por Pdf) constarão lá.
Agora se as notas forem de saídas, o ideal é escriturar ainda que agora e retificar os PGDAS-D e realizar um parcelamento dos débitos que apurarem, pois, antes de uma possível autuação fiscal você já estaria regular.
Obs. Não irei considerar lucro real pelo fato de tu ter mencionado empresa sem grade vulto documental.
E se for do lucro presumido?
Nesse caso o procedimento é quase o mesmo, tu irá escriturar as entradas e saídas no EFD-ICMS, no entanto, essa escrituração gera multa (omissão ou retificação) e nesse caso ainda com essa multa e eventuais débitos que gerarem nas saídas (caso não tenha crédito nas entradas), essa operação sai mais em "conta", pois, uma eventual fiscalização do estado tu iria ter além do informado, também encargos de penalidade por omissão ou escrituração fora do prazo. Lembrando da informação desses impostos na DCTF e EFD- Contribuições.
Agora, se for entidade prestadora de serviços sem I.E. a penalidade que teria por agora seria mesmo o recolhimento dos impostos em atraso e as declarações de DCTF e EFD-Contribuições, consultar se o município exige alguma outra declaração.
No mais, seriam essas questões.