Segundo a IN 1234/12 da Receita Federal consta o seguinte:
"Art. 2 º Ficam obrigados a efetuar as retenções na fonte do Imposto sobre a Renda (IR), da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL) , da Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins) e da Contribuição para o PIS/Pasep sobre os pagamentos que efetuarem às pessoas jurídicas, pelo fornecimento de bens ou prestação de serviços em geral, inclusive obras, os seguintes órgãos e entidades da administração pública federal:
I - os órgãos da administração pública federal direta;
II - as autarquias;
III -as fundações federais;
IV - as empresas públicas;
V - as sociedades de economia mista; e
VI - as demais entidades em que a União, direta ou indiretamente detenha a maioria do capital social sujeito a voto, e que recebam recursos do Tesouro Nacional e estejam obrigadas a registrar sua execução orçamentária e financeira no Sistema Integrado de Administração Financeira do Governo Federal (Siafi).
Art. 4 º Não serão retidos os valores correspondentes ao IR e às contribuições de que trata esta Instrução Normativa, nos pagamentos efetuados a:
XV - órgãos da administração direta, autarquias e fundações do Governo Federal, Estadual ou Municipal, observado, no que se refere às autarquias e fundações, os termos dos §§ 2 º e 3 º do art. 150 da Constituição Federal; "
Dessa forma, acredito que os órgãos municipais estão dispensados de efetuarem essa retenção.