Albérico Cardoso,
Veja que a liquidação da despesa tem o objetivo de apurar o direito adquirido pelo fornecedor, ou seja, se o objeto do contrato foi integralmente e satisfatoriamente cumprido. Exigências, tais como a de CND válida, são obrigações acessórias para fins de liquidação, tanto é que não se avalia isso (§ 1ª, art. 63, lei 4320/64).
Em geral, os contratos administrativos preveem a manutenção da regularidade fiscal durante toda a vigência do contrato, porém, uma vez que a execução do objeto foi julgada satisfatória pela Administração, não é a liquidação que deve ser sustada, mas sim o pagamento.
Ademais, é possível liquidar a despesa mesmo sem documento fiscal, pois basta o ateste idôneo de que o objeto contratado foi cumprido. Evidentemente que não deve haver o pagamento sem o documento fiscal. O mesmo vale para demais exigências acessórias.