Daniela,
Bom dia!
Não há problema nenhum em um órgão público fazer a contratação de fretes.
O que deverá ser analisado é a real necessidade da contratação desta despesa.
Exemplo: A Prefeitura possui veículos à disposição e parados no pático e, mesmo assim contrata terceiros para fazer o transporte de terra em uma construção de sua responsabilidade. Neste caso, não é correto fazer esta contratação.
Agora, houve a necessidade de transporte de uma máquina para um determinado local do município onde a Prefeitura está realizando a obra e, a Prefeitura contrata um caminhão prancha para levar esta máquina. Não há problema algum nesta contratação.
Lembrando que, antes de qualquer contratação de despesa, faz-se necessário do empenho prévio...