Isso deve estar ocorrendo por causa da vinculação dos CNPJs de fundos para fins do CAUC. Eu lembro que um tempo atrás, a SRF tentou achar os CNPJs de fundos e vinculá-los ao do município. O que eles fizeram foi pegar todos os CNPJs do tipo 120-1 (acho que é esse o código de fundo publico) de um determinado município e vinculá-los automaticamente ao CNPJ do município. Com isso, lá no CAUC do meu município apareceu o CNPJ da unidade da empresa estadual de saneamento vinculada ao Município.
Na época havia um período que tinhamos que conferir isso no CAUC e fazer os ajustes na SRF.
Agora provavelmente vais ter que ir lá na SRF e ver o que fazer.