retenção de darf não retido na época do pagamento

1) Como faço para fazer a retenção de DARF não retido na época do pagamento, sendo que trabalho em órgão público federal e o pagamento é realizado através do SIAFI, somente agora foi verificado esse problema. A empresa deposita o valor não retido na época através de GRU para que possa ser feita a retenção ou terá que fazer a parte? E como fica a situação da DIRF?

2) A situação fiscal do fornecedor estava sendo consultada pelo concredor (SIAFI) que está desatualizado com o banco de dados da Receita Federal, ou seja, deixou de ser Optante pelo Simples Nacional, mas foi pago sem a retenção dos devidos tributos e o fornecedor também não informou seu desenquadramento da condição de optante e recebeu o valor bruto da NF sem se manifestar,

3) Apesar da responsabilidade ser da fonte pagadora em fazer as retenções, pode ser imputado ao agente público que ele faça essa restituição à Fazenda Nacional?

Agradeço desde já pela atenção.

A retenção deve ser feita no momento do pagamento. Uma vez que não tenha sido feita, não há mais que se falar em retenção. Como não foi feita a retenção, não se informa isso na DIRF. Quanto aos motivos de não ter sido feita a retenção, há que se avaliar se, na época, havia condições de se identificar a inconsistência. A responsabilidade perante ao Fico é da entidade que deveria fazer a retenção. Esta, por sua vez, poderá regredir contra o servidor responsável no caso de dano ao erário, porém, somente mediante o devido processo legal.