Não ficou claro na pergunta se o registro contábil é feito de forma integrada ou não.
Se o servidor do setor de patrimônio registra a incorporação do bem no sistema de controle patrimonial e esse sistema, sem a intervenção do servidor realiza o registro contábil, temos a integração. Neste caso, não vejo como dizer que é o servidor do setor de patrimônio quem está fazendo o registro contábil. Cabe ressaltar que a parametrização ou configuração das contas contábeis e demais parâmetros necessários ao registro contábil devem estar sob responsabilidade de um contabilista.
Por outro lado, caso o servidor do setor de patrimônio precise realizar o registro no sistema de controle patrimonial e, de forma separada (em outra tela, por exemplo), também o registro contábil, pode-se arguir que não há segregação de funções e que, se ele não for contabilista em situação regular perante o CRC, também estará incorrendo eventualmente me exercício irregular da profissão.
Faço uma ressalva com base na minha interpretação da legislação profissional, que no segundo caso (quando existe a necessidade de registro em separado nos sistemas patrimonial e contábil), o simples fato de o servidor do setor de patrimônio inserir dados no sistema contábil pode não caracterizar o exercício de atividades resguardadas aos contabilistas, desde que ele faça sob orientação de contabilista e que ele não tenha competência de fazer juízo profissional à cerca de questões contábeis. Em resumo: se ele é só um digitador e está sob orientação de contabilista, não vejo problemas.
