De Filial para Matriz

Boa noite amigos!
Bom, estou com uma dúvida aqui.
Uma empresa que é filial, tem como CNAE a fabricação de etiquetas e cartolinas, etc. Porém, para a venda do produto final, é utilizado o CNPJ da Matriz.
Como fica essa situação? A Filial tem que emitir Nota Fiscal para a Matriz e depois a Matriz, fazendo a venda, emitir a Nota Fiscal para o consumidor final?
Também tem a questão do IPI, pois há uma fabricação do produto.
Sou estudante de Ciências Contábeis, estou no segundo ano, então não tenho conhecimento tão afundo. Obrigado pessoal.

Boa noite Rafael,

Se a matriz for apenas comércio, a Filial poderá transferir para a Matriz e deverá destacar IPI na nota pois ela possui a atividade de fabricação.
No ato da venda realizada pela matriz, deverá ser destacado os demais impostos, como o ICMS.

Em consonância com o princípio da autonomia dos estabelecimentos, cada estabelecimento industrial ou equiparado deve apurar o imposto e efetuar o seu recolhimento através de Darf emitido para esse fim. Não é permitido o recolhimento centralizado pela matriz.

Neste link vai encontrar uma faq que pode lhe ser útil.

www.receita.fazenda.gov.br

nossa, obrigado! ;D vou estar o link.