Olá Márcia !
Primeiro ponto; nesta parceria deve haver algum acordo ou contrato, onde a empresa A deve estar prestando algum serviço para a empresa B.
Não tem sentido uma empresa pagar despesas de funcionário de outra empresa sem que haja algum interesse comercial com lucro, certo?
Tem que observar a essência deste contrato de trabalho entre as empresas, e definir as formas de pagamentos, para serem registradas as receitas e despesas de forma que não configure para o Fisco Estadual, Municipal e Federal a sonegação fiscal ou então que a empresa recolha mais impostos do que os verdadeiramente devidos.
As empresas devem procurar solicitar que os documentos que comprovam despesas incorridas sejam emitidos em nome da empresa que irá verdadeiramente pagar e registrar estas despesas em sua contabilidade.
A tão falada Nota de Débito é uma relação de despesas que uma empresa apresenta para outra por ter efetuado um serviço para a mesma, não é um documento fiscal regulamentado pelo Fisco.
Para empresas prestadoras de serviços que não possuem Escrituração Fiscal de notas fiscais de despesas e compras em Livros de Registro de Entradas, é aceito contabilizar esta relação de despesas com as notas anexas emitidas em favor de outra empresa, mas para empresas comerciais que escrituram o Livro de Registro de Entradas, não é permitido escriturar uma nota fiscal emitida para outra empresa, e mais a Nota Fiscal Eletrônica é o registro de que a despesas foi emitida para a empresa A, mas quem pagou foi a empresa B e a empresa A será penalizada pois não terá o registro desta nota fiscal em seu Livro de Registro de Entradas.
Este é um alerta para que não ocorra este tipo de escrituração e para que a empresa não venha a ser Autuada por não registrar uma despesa em que a Nota Fiscal Eletrônica foi emitida em seu CNPJ.
O SPED – Sistema Público de Escrituração Digital, a Nota Fiscal Eletrônica faz com que as informações sejam cruzadas e denunciará este fato ao Fisco.
Quando uma empresa paga para a outra o serviços prestado, as despesas que a prestadora de serviços irá ter é o custo do trabalho a ser executado, onde na apuração do Balanço será receita menos despesas, ficando assim o lucro líquido tributado na sua essência.
Visto desta maneira, as despesas devem ser todas contabilizadas pela prestadora de serviços e a nota fiscal de serviços deve englobar o custo e o lucro da empresa.
Ocorre que temos impostos e contribuições que incidem sobre o "faturamento", e quando se fatura esta nota fiscal de serviços, a empresa estará pagando imposto ou contribuição inclusive sobre o custo dos serviços, o que entraríamos no campo de pagamento de imposto cumulativo.
Por isso eu defendo a tese de que as empresas devam pagar suas despesas com a emissão de notas fiscais (principalmente) e recibos em nome da empresa que irão pagá-las e registrar em sua contabilidade.
É um assunto extenso, eu já falei em outros tópicos também, e você pode pesquisar que vai encontrar os tópicos.
Mas especificamente no seu caso, recibos de passagens aéreas e outros recibos, seria melhor emitir já em nome da empresa que irá pagar estas despesas e assim o reembolso poderia ser feito.
E depois apresentando à empresa receberia o valor correspondente.
Abraços