Boa tarde, Eduardo Carvalho e Maria Souza.
Para efeitos de Contabilidade Fiscal, cada estabelecimento tem sua escrituração própria, haja vista que a Matriz tem uma inscrição estadual de ICMS e a Filial tem outra inscrição estadual de ICMS, independente em que estado ou município brasileiro estejam domiciliados.
Na Contabilidade Geral, o próprio Plano de Contas da deve prever todas as contas inerentes e separados para efeitos gerenciais, deixando claro são as contas da Matriz e da Filial. Ex.: AC, Caixa Matriz; e Caixa Filial; ANC, Imobilizado, Móveis e Utensílios Matriz; e Imobilizado, Móveis e Utensílios Filial; DRE, Conta Receitas Matriz e Conta Receitas Filial.
No Patrimônio Líquido, o valor da Conta Capital Social é o constante do contrato social; não é feita destaque para filial, visto que o capital é da empresa como um todo e não separado por matriz e filial.
Em breves "pinceladas", é dessa forma que os registros devem ser classificados na contabilidade.
Abraços.