Elivaldo Oliveira Silva, bom dia.
Não tem nenhuma diferença das demais empresas, então supondo que a Faculdade seja optante pelo Lucro Real, será tributada normalmente pelo PIS/COFINS/CS, sujeitando-se as demais obrigações acessórias e mais as imposta pelas entidades de classe, como por exemplo, o MEC.
No que diz respeito à tributação da receita, se informe na prefeitura local se existe a emissão de carnê fiscal, caso haja, eles são documento hábil para calcular o ISS mensal, caso não haja, a mensuração da receita, deverá ser feita mesmo nota fiscal.
Nesse item, você pode fazer o seguinte; no final de casa dia somar os boletos recebidos no dia e emitir uma nota fiscal para dar respaldo aos mesmos.
No mais, praticamente a rotina é mesma de todas as empresas.