NF ref Cliente a receber em duplicidade

Olá gente!
A Empresa que estou fazendo emitiu uma NF de Serviço a um cliente e essa NF já foi faturada e pago os impostos sobre ela, porem nesse mês a empresa não sei por que circunstancia que eu ainda vou verificar, teve que emitir uma outra NF pra esse mesmo cliente do mesmo valor, substituindo a NF anterior, foi informado a empresa que já haviamos faturado essa NF e pago impostos referente a ela, a empresa tem ciência disso, resumindo pagou duas vezes o imposto.
Me dúvida é com relação a contabilidade, pois essa duas NF de R$2.000,00 cada estão em aberto para receber, sendo que o valor correto é R$2.000,00 a receber e não R$4.000,00 o dobro por exemplo.
Alguém pode me orientar com relação a isso.

Boa Noite Isabela Guimarães! Fica mais fácil cancelar a última NF emitida em função do cliente já ter pagos as contribuições retidas na 1ª NF. Bom Trabalho! Att.

A NFe não pode ser cancelada porque já passou do prazo, a minha dúvida é regularizar isso na contabilidade, visto que tem uma nf em aberto, mas a mesma já foi liquidada, a nf anterior.
Ou seja tem saldo em aberto a receber do cliente, mas verdade não há nada a receber, só houve a duplicidade das notas emitidas.

Bom Dia! Vc faz os seguintes lançamentos: D:(-)Receitas Canceladas(R)C: Cliente...(AC) Historico: Valor ref.cancelamento NF... Bom Trabalho! Att.

Ok... Obrigada pela ajuda Tim!