Prezado Fellipe,
Já que você possui a confirmação dos pagamentos, você precisa verificar se os mesmos foram contabilizados mesmo que em contas erradas, se sim, basta que você faça a reclassificação da conta errada para a conta devida e irá corrigir a situação, exceto, se tais lançamentos foram contra conta de despesa, nessa situação você irá lançar contra a conta "ajuste de exercícios anteriores (PL)", saliento que esta conta por sua vez repercute no LALUR.
Contudo, se os pagamentos em questão não tenham sido contabilizados, fica entre duas hipóteses: a conta caixa ou banco (saída monetária do pagamento) está com saldo errado ou tais valores foram pagos com recursos de terceiros (sócios, por exemplo). Você precisa questionar os colabores da época para se munir de informações e identificar como realmente foram pagos tais dividas, contudo, independente de qual das duas situações você vai precisar corrigir a situação. Sendo a primeira hipótese a correção se dá da mesma forma no qual expliquei no paragrafo anterior, na segunda hipótese você irá contabilizar contra a conta mais adequada, seguindo o exemplo citado seria "empréstimos de sócios".
Em caso de permanência de duvidas, favor as detalhe para que possamos ajuda-lo.
At.
Marcos Vinicius