declaração de venda antiga de imóveis

Olá

Administro uma empresa de empreendimentos imobiliários e estamos em fase de escrituração de antigos contratos de compra e venda.
Os contratos de compra e venda foram realizados a muitos anos atrás, (aproximadamente entre 1990 e 1998) mas os adquirentes somente resolveram realizar as escrituras públicas recentemente neste ano de 2013.

O problema é que ao fazer a escritura agora a prefeitura acaba avaliando o imóvel em um valor muito maior do que realmente foi vendido nos anos 90. A consequência disto é que o cartório acabada declarando a venda pelo valor atualizado e consequentemente tenho que pagar IR, PIS e COFINS sobre o valor atual da escritura o que está me causando prejuízo financeiro, pois o valor declarado na escritura não entrou no caixa da empresa.

Então gostaria de saber se nesta escrituração devo fazer referência ao antigo valor da compra que foi realizada em cruzeiros nos anos 90?
Se assim for vou precisar atualizar para o valor para a moeda de hoje?
E como vou efetuar o pagamento se o fato gerador ocorreu em 1990 e está prescrito?

Desde já agradeço a colaboração dos colegas

Prezado Lucas,

Infelizmente creio que a empresa terá que arcar com tal prejuízo, isto porque apesar do fato gerador (transferência da posse do imóvel) ter ocorrido na década de 90, só ocorreu de fisicamente, não havendo nenhum documento legal respaldando tal situação no período em questão abre margem para o fisco reclamar tais tributos atualmente, já que só agora se esta realizando os devidos registros. Desconheço alguma normatização o isente dos tributos dentro da situação citada.

At.
Marcos Vinicius