Wellington, primeiramente, você precisa orientar o pessoal, para não transferir diretamente da conta da empresa para a outra, pois isso caracteriza empréstimo de fato.
O Ideal, é transferir o recurso para o sócio, e da conta particular dele, sairá o dinheiro para a outra empresa. Como ele participa da mesma, como você disse, poderá registrar no passivo, como empréstimo para futura integralização.
No entanto, como ja esta feito, saída da conta da empresa para a outra empresa, não há nenhum problema não em registrar como empréstimo. Não é só Instituição Financeira que pode emprestar.
Todavia, é necessário gerar um contrato de mutuo entre as partes, pactuar uma taxa de juro, dentro do praticado no mercado e fazer a apropriação desses juros. Também deverá ser calculado e recolhido o IOF. por isso no contrato de mutuo deve constar o prazo, para calculo do IOF. Existe programas que facilitam o calculo do IOF para quem tem dificuldade de calcular. Conheço caso de algumas empresas que fizeram movimentações semelhantes e não recolheram o IOF, sendo autuada pela RFB e obrigado a recolher tudo com multas e CM.
