Leilton, boa noite!
Tentarei de ajudar...
1 - Como devo lançar o estoque?
Como não existe acompanhamento do estoque, sugiro que faça um levantamento no início e no final do período a ser contabilizado.
Lance a baixa do estoque (CMV) usando a fórmula do inventário periódico:
CMV = Estoue inicial + compras - estoque final
Lembrando que essas compras refere-se a compra de insumos para a produção dos alimentos...
2 - Ele emite somente 40% de notas da receita total de vendas, para pagar o valor do simples menor. Só que 90% da receita dele entra no banco, como contabilizo?
Isso é um grande problema! Neste caso, sugiro que você converse com o seu cliente, explicando os riscos que ele (e você) corre com a sonegação e etc. Lembre-se que você como contador é responsável!
3 - E os cartões de crédito, como contabilizarei também? Para cada valor no banco referente a cartão de crédito, deveria ter uma nota fiscal?
Na verdade as notas fiscais devem ser emitidas na data da venda, não no recebimento em conta! Sugira que ele faça um controle das notas fiscais emitidas separando o que foi recebido em dinheiro, em cheque, em cartão de débito e em cartão de crédito. O valor a ser recebido você lança como créditos a receber no AC.
Caso o cliente não aceite as sugestões de mudança, avalie até que ponto é válido manter esse perfil de cliente em sua carteira...
Espero ter ajudado...