Aline,
Não sei se consegui interpretar a sua pergunta. Veja o que versa o princípio da Entidade, resolução CFC nº 750/1993, Seção I:
O Princípio da Entidade reconhece o Patrimônio como objeto da Contabilidade e afirma a autonomia patrimonial, a necessidade da diferenciação de um Patrimônio particular no universo dos patrimônios existentes, independentemente de pertencer a uma pessoa, um conjunto de pessoas, uma sociedade ou instituição de qualquer natureza ou finalidade, com ou sem fins lucrativos. Por conseqüência, nesta acepção, o patrimônio não se confunde com aqueles dos seus sócios ou proprietários, no caso de sociedade ou instituição.
Parágrafo único - O Patrimônio pertence à Entidade, mas a recíproca não é verdadeira. A soma ou agregação contábil de patrimônio autônomos não resulta em nova Entidade, mas numa unidade de natureza econômico contábil.
Como exposto no artigo acima, o patrimônio da Entidade não se confunde com demais patrimônios, ou seja, o pagamento de salários têm que ser contabilizado na empresa onde estão registrados os funcionários e por competência. Neste caso, basta que você faça o estorno contábil. Desse modo, em conformidade com o princípio da Entidade, a origem para o pagamento da follha de salários têm que ser da conta corrente da empresa onde estão registrados os funcionários.