Bom dia Lazaro.
quanto a escrituração tem que ser separada, mais depende muito do software, alguns tratam matriz e filial como duas empresas dentro do banco de dados, em outros o banco de dado é o mesmo mais são diretórios diferentes, varia muito, mas com certeza deve existir uma diferenciação entre os lançamentos da matriz e da filial, quanto ao balanço, separado matriz e filial só pra fins gerenciais, para outros usuários como o governo o balanço é sempre consolidado, pois legalmente a filial não é outra empresa, é apenas uma extensão da matriz, os bancos sempre vão querer balanço consolidado pois as duas estão atreladas, para ilustrar ao analisar o endividamento da matriz deve se levar em conta as dividas da filial pois as duas respondem solidariamente pelos bens, diretos e obrigações uma da outra.
espero ter ajudado, um abraço!