Prezado Geovan, boa tarde.
Seu contador está correto em abater do estoque os valores de créditos das contribuições PIS e COFINS. Quando ele faz isso, ele transfere esse crédito para o Ativo Circulante, créditos de impostos a compensar, que serão utilizados para a compensação com os débitos (incidência sobre o faturamento) desses mesmos tributos que serão oferecidos à tributação no mês de competência do faturamento, que é a base do cálculo dos tributos, entendeu?
Verificar no balancete, as contas Crédito de PIS a compensar, e Crédito de Cofins a compensar, que são alimentadas quando da compra de mercadorias, pois caso a compensação ocorresse com o custo do produto, que é calculado somente quando há venda, sua empresa tomaria prejuízo financeiro. Veja que a lei o ajuda com a tomada de crédito no mês de compra, e não no mês de faturamento (venda) dessa compra.