entendo que o precedimento é seguinte.
no recebimento da matéria prima vou dar exemplo já com valores pra vc ter uma ideia
D- Matérias Recebidas para Industrialização, Dentro de Estoque de Terceiros em poder da empresa (ativo) 100 R$
C- Matérias Recebidas para Industrialização (passivo) 100 R$
não deixa de ser um ativo pois é um matéria prima, não é sua por isso fica no estoque de terceiros
não deixa de ser obrigação porque vc tem que devolver
Durante a produção você vai alocando os custos na DRE normalmente, mão de obra que você utiliza nesse processo, energia elétrica, água, materiais de uso e consumo, depreciação do seu maquinário, enfim todos os custos envolvidos no serviços prestado, pois industrialização por encomenda é serviço, vamos supor que seu custo foi 30 R$.
agora temos a emissão da nota de serviço seu custo foi 30 R$ e e vc emite a nota de 50 R$ para cobri impostos e despesas e sobrar o lucro
D Caixa/Fornecedor 50 R$
C Prestação de serviço 50 R$ (DRE)
agora você emite a nota com CFOP de devolução de mercadoria recebida para industrialização, vc faz o lançamento contrario de quando a recebeu
D- Matérias Recebidas para Industrialização (passivo) 100 R$
C- Matérias Recebidas para Industrialização (ativo) 100 R$
Obs: para esse tipo de atividade você precisa de um controle efetivo, adotar critérios de rateio o mais realista possível, você terá que alocar na DRE os custos separados por cada encomenda, sugiro que se use um sistema de centro de custo para cada encomenda, você tem que ter a noção exata do que você usa de mão de obra, energia elétrica, água, material de uso e consumo na industrialização do cliente "A" do cliente "B", só assim você poderá identificar se esta tendo lucros o prejuízos
bom sei que não foi tudo isso que você perguntou mais aprendi assim, quis te passar todo o processo, espero ter ajudado um abraço.