Boa tarde Claudia,
Primeiramente uma correção: "se você está direcionando toda a venda para o caixa, este não pode estar estourando mas, sim, tendo um saldo elevado e irreal." Até porque, ao se considerar toda a venda como sendo a vista, você desconsidera as despesas com o cartão.
Por se tratar de supermercado, provavelmente o mesmo faz uso de ECF. Utilizando-se este equipamento, a Redução Z traz informações sobre os meios de pagamentos (formas de pagamento) realizados no dia, logo, através de um documento fiscal, você possui informações contábeis. Caso o equipamento de ECF encontre-se interligado ao equipamento POS, você terá para cada cupom fiscal um comprovante de utilização do cartão.
Para segregação das operações com cartão, você deverá fazer uso dos extratos fornecidos pelas administradoras do POS (máquinas de cartão), pois com este documento você fará a conciliação entre a venda bruta e o recebimento líquido (apesar de esta informação você ter também através do extrato da c/c onde os valores são debitados), mas não todas as informações financeiras incidentes sobre a operação, informações contidas no primeiro extrato.
A utilização do POS traz consigo outras operações, tais como: aluguél, tarifas diferenciadas pelo nº de prestações, pela forma de pagamento em débito ou crédito, encargos de antecipação de recebimento, entre outras.