Paulo,
Você deve emitir uma nota fiscal de baixa de estoque por roubo, quebra ou deterioração, com CFOP 5927, dessa forma efetuando a correção do estoque, dos impostos creditados (contribuinte poderá utilizar como crédito fiscal o valor do imposto pago antecipadamente,
vedado, contudo, o crédito relativo ao ICMS da operação normal, devendo a Nota Fiscal a
ser emitida para esse fim especificar, resumidamente, além dos demais elementos
exigidos, as quantidades e espécies de mercadorias, seu valor e o imposto recuperado, e
conter observação acerca do motivo determinante desse procedimento); e ajustando o inventário.
Segue a base legal COFINS:
§ 13. Deverá ser estornado o crédito da COFINS relativo a bens adquiridos para revenda ou utilizados como insumos na prestação de serviços e na produção ou fabricação de bens ou produtos destinados à venda, que tenham sido furtados ou roubados, inutilizados ou deteriorados, destruídos em sinistro ou, ainda, empregados em outros produtos que tenham tido a mesma destinação. (Incluído pela Lei nº 10.865, de 2004).