Jorge Luiz,
Também estou com problemas no estoque de uma empresa, mas acredito que seja a forma de calcular o estoque final para fazer o inventário, como você também mencionou as compras não suprem as vendas, aqui aplica-se 30% em cima do preço de custo da mercadoria para revendê-la, na hora de calcular o estoque final em valor financeiro isso tem que ser deduzido ?
Em relação a sua dúvida, como a empresa só compra e vende através de NFe, você pode pegar as notas vê realmente se todas as entradas foram lançadas e todas as saídas também e equilibrar o estoque, o trabalho dependendo do tamanho da empresa e se ela não possuir um software de controle de estoque é exaustivo, aqui no meu estado o site da receita estadual disponibiliza através de acesso com senha e tudo mais, as NFe tanto de emitente como de destinatário, acredito que ai no seu estado deva ter esse recurso também, que pode ser utilizado caso a empresa não possua essas informações.
Att,
Joseilma Matias
Administradora de empresas - Especialista em Direito administrativo e gestão pública.
A serviço no Ativa Contabilidade e Consultoria