Jéssyca, sendo assim acho que restam dois caminhos a seguir....
1- Você da entrada no bem pelo valor da NF mesmo, e o valor a maior que tenha saído do caixa/bando da empresa, lança como distribuição de lucros apenas para não ficar com o saldo errado e não apropriar também uma despesa sem documento idôneo. Sabendo-se que caso o bem seja vendido a base para apuração do ganho de capital será o valor da NF. (Este procedimento está longe de ser o correto, mas é um paliativo para a situação.)
2 - Formule uma consulta tributária para a Sefaz, explicitando o mais detalhadamente possível o caso. Ela servirá em todos os aspectos como documento que comprova a orientação que receber, seja ela para emissão de NF de entrada, ou para registro do bem pelo valor da NF já emitida. Diferente das orientações recebidas verbalmente no Plantão Fiscal, as respostas de consulta tributária tem valor legal. Caso julgue necessário formule também uma Consulta Formal a Receita Federal.
Consulta a SEFAZ-SC clique aqui
Consulta a RFB clique aqui
Reafirmo que o procedimento 1 está longe de ser o correto, o mais indicado é formular as consultas e agir conforme soluções das mesmas.