Marilda,
Infelizmente o governo disponibilizou essa ferramenta e esqueceu de esclarecer alguns pontos relevantes. Primeiro quando você tem uma movimentação de dinheiro em banco, o ideal é abrir uma conta bancária para a empresa MEI, porque você pessoa física é uma coisa e o seu MEI é outra coisa, toda movimentação bancária deverá ser feita por lá, e com um controle de suas receitas e despesas, para que no final você possa apurar o seu lucro e cuidar o seu limite de receita. Dessa maneira você separa pessoa física da empresa. O governo entende que a renda de um MEI é um salário minimo, pois você recolhe o INSS por um salário minimo, dessa maneira você não precisaria declarar a movimentação em sua declaração de Pessoa Física e sim lá na Declaração do MEI que se faz uma vez ao ano, parece complicado mais não é, você utilizando as planilhas que o próprio site disponibiliza fica mais fácil na hora de fazer a declaração do MEI. Quando tiver duvidas, mesmo que pareçam irrelevantes consulte um contador, ele esta acostumado em lidar com essas situações.
Espero ter ajudado.