Fernanda Richartz; bom dia!
A opção de plano de contas integradas é a melhor forma;
Os fechamentos e lançamentos de ambas as empresas devem ser distintas, exatamente como você descreveu,
cada conta de cada uma será paga por sua parte, mesmo sendo uma filial da outra, são empresas distintas com CNPJ's distintos.
Uma dica, se acaso ocorrer de Matriz pagar contas da Filial e/ou vice e versa, é você criar uma conta de transferência de recursos entre filiais, já que isto não é proibido, afinal, é um grupo que tende a se auxiliar em algum momento.
Então digamos que a Filial fez uma compra, e no final foi a Matriz quem pagou, os lançamentos ficariam mais ou menos assim:
Compra da Filial:
D - Despesa
C - Fornecedor
Pelo Pagamento na Matriz:
D - Transferência de recursos entre filiais
C - Banco Matriz
Pela baixa do fornecedor na Filial:
D - Fornecedor
C - Transferência de Recursos entre filiais
Essas contas ficarão com saldo (óbvio), porém, se for tirado um balancete consolidado esta conta tem que fechar,
então sugiro você sempre fazer uma conciliação consolidada desta conta, se você deu um débito na matriz em 01/01 um crédito de mesmo valor na filial tem que haver no mesmo dia.
Esses lançamentos podem ser feitos também quando ocorre transferência entre contas bancárias (Matriz e Filial).
Digo também, que as contas de estoque você deve separar, digamos que você utilize a conta nº 500 para estoque Matriz, então utilize a conta nº 501 para estoque filial, fica mais fácil de conferir, caso haja algum problema;
E mais, cuide sempre das transferências de produtos entre filiais, verifique sempre as saídas e/ou entradas da Matriz e Filial, para verificar se houve saída ou entrada de transferência entre filiais de uma para outra, o que sai da Matriz, respectivamente no mesmo dia, ou logo após, deve entrar na Filial e vice e versa.
Espero ter auxiliado.
Grande abraço.
