Boa tarde, Bruno!
A retenção do INSS (11%) na nota fiscal referente a mão de obra é considerada uma antecipação de imposto, portanto o valor recolhido será deduzido (abatido) do montante a ser pago à Previdência.
No fechamento da folha, os valores constantes nas notas fiscais que sofreram a retenção na fonte serão utilizados para "abater" o valor do INSS da sua empresa.
Por lei, o contratante é obrigado a recolher este valor (percentual) e repassar ao contratado somente o LÍQUIDO (na verdade, dependendo do valor, há outras incidências tributárias sujeitas a retenção na fonte).
Desta forma, para a empresa que teve o INSS "RETIDO", o valor passa a ser um direito creditório a ser compensado contra a guia de recolhimento mensal.
Já para a entidade responsável pela "RETENÇÃO" na fonte (nota), passa a ser uma obrigação de recolhimento aos cofres públicos (INSS).
No seu caso, não se preocupe, pois é DEVER do escritório contábil fazer tal procedimento (para tanto, envie para o escritório todas as notas emitidas no mês e, por meio de uma tabela, faça a relação das notas que tiveram impostos retidos).
Até mais...