Eliane
Na minha opinião pode registrar tudo na matriz, pois no meu conceito, todas as filiais fazem parte da mesma entidade e partilham do mesmo patrimonio , não ferindo assim o postulado da entidade.
Caso queira registrar por filial, uma alternativa seria utilizar contas de transferencia entre matriz e filiais, e quando fechar o balanço, retirar estas contas, pois em teoria, o que entrou a débito em uma com certeza entrará a crédito na outra e as contas de transferencia acabam zerando entre si.
Ficaria mais ou menos assim:
Na matriz
D - Transferencia Filial X
C - PIS sobre Folha(PC)
Na filial
D - PIS sobre folha(CR)
C - Transferencia Matriz
Uma segunda alternativa seria emitir DARFs com CNPJ da matriz e o valor de cada filial e entregar para cada uma pagar a sua, aí você registraria cada DARF na contabilidade da filial que gerou o custo do PIS.
Espero ter ajudado
Att.