Maria,
Seguirá de forma simples, como foi pago deverá ser contabilizado a ocorrência e efetuar o estorno da mesma:
Digamos que o ICMS foi no valor de R$ 200,00
Pagamento indevido:
D- ICMS a recolher [PC] 200,00
C- Disponível Caixa/Banco [AC] 200,00
Estorno do pagamento em duplicidade:
D- Disponível Caixa/Banco [AC] 200,00
D- ICMS a recuperar [AC] 200,00
C- ICMS a recolher [PC] 200,00
Note que irá sobrar o saldo a recuperar, onde que é o crédito escriturário da empresa.
Espero ter ajudado.
Att.
"A virtude de uma pessoa mede-se não por ações excepcionais, mas pelos hábitos cotidianos!"
Kaik R. Vieira
Contador e ex-Perito Judicial
CRC: 0021187/O - ES