Serviço de transporta para cobertar diversas operações.

Estou com dificuldade em uma determinada situação. Um produtor vendeu produto da fazenda de um município A para uma trading localizada em um município B. Essa trading emitiu uma nota de transferencia do produto para uma outra unidade em um município C, e contratou a transportadora para retirar o produto diretamente do município A ao município C. Nessa situação ocorreu apenas uma prestação de serviço, mas a trading está obrigando a transportadora a emitir um cte para acobertar a nota da fazenda do município A até o município B, e outra cte para acobertar a nota do município B ao município C. Entre o município A e o B existe um posto fiscal que exige que se emita apenas um documento fiscal diretamente da Origem (município A) ao Destino final (município C). Existe alguma legislação que diga a respeito desse tipo de operação? Esse fator interfere na arrecadação municipal, pois o município A vai ter Valor Adicionado referente ao indice de participação dos municipios menor que o esperado, e o municipio B que nem participou da prestação vai levar a maior parte. Se alguem puder me esclarecer e me passar legislações a respeito eu agradeço.