Jorge,
A primeira pergunta não entendi direito a colocação sobre a "baixa do bem", mas acredito que sua dúvida permeia no sentido de que a propriedade não mais fará parte da PF e sim da PJ na qualidade de holding.
A segunda pergunta, não é necessário haver um laudo de avaliação patrimonial, o valor da propriedade é o constante no cartório. Se houver algum interesse do proprietário em contabilizar na holding o valor avaliado por questão de garantia em algum empréstimo, então vejo vantagem em fazer o Laudo de Avaliação Patrimonial, caso o contrário para mim é desnecessário para essa operação.
Já a terceira pergunta, pelo principio da entidade, não se deve confundir a patrimonio da PF com o da PJ. Neste caso se os empregados são da PF, ele deve assumir tais obrigações e não há necessidade nenhuma de transferir esse pessoal para a holding, uma vez que dependendo das funções que esses trabalhadores exercem, pode inclusive descaracterizar a holding. Pelo simples fato de constituir a holding, não se deve haver a transferência de tais trabalhadores. Mas isso depende também do interesse do empregador.
Att.