Bom Dia Renata,
Se a sua igreja não paga pis em valor acima de R$ 10.000,00 não está obrigada a entregar a EFD-Contribuições e portanto tambem está dispensada da ECF.
No Portal do Sped foi publicada a noticia intitulada "Imunes e Isentas - Obrigatoriedade de entrega de ECD e ECF". Nela lê-se que:
As pessoas jurídicas imunes ou isentas que não estão obrigadas a entregar a EFD-Contribuições, conforme Instrução Normativa RFB no 1.252, de 1o de março de 2012, também não estão obrigadas a entregar a ECD e a ECF. Também não entregarão a DIPJ, pois ela foi extinta. Essas pessoas jurídicas podem entregar a ECD e a ECF de forma facultativa