Marcelo,
Na realidade, sua empresa tem que fazer o reembolso integral ao funcionário desde que ele obtenha a despesa de viagem em função da empresa. Como que vc irá apropriar a despesa de viagem em sua contabilidade no valor de R$ 800,00 mas a empresa só desembolsa R$ 500,00 para o funcionário?
Se o seu lançamento for total, o pagamento dela também tem que ser total pelo fato de vc estar alegando contabilmente que a despesa é da empresa.
E se acontecer do funcionário gastar R$ 800,00 em viagem e a empresa reembolsa R$ 500,00, quando for feita a provisão da passagem no valor de R$ 800,00, vai ficar restando R$ 300,00 para quitar a provisão que com isso o seu passivo não irá fechar no balancete.