Fernando,
O salário do supervisor de fábrica é considerado um custo fixo indireto, portanto no DRE deverá ser apresentado em CPV - Custo dos Produtos Vendidos e não da linha de Despesas Administrativas.
Sendo esta empresa optante/obrigada ao Lucro Real, sim, poderão haver impactos no IR e na CS.
Porque?
Visto que esta empresa é uma industria, ela deverá possuir um sistema de custeio de modo que o custo do salário deste supervisor seja absorvido pelos estoques produzidos, agregando valor ao ativo e só poderá impactar no resultado quando estes mesmos produtos forem vendidos. Diferente das demais despesas operacionais, que são reconhecidas no resultado à medida em que ocorrem. Então se você lançar na linha de Despesas Administrativas ou mesmo em CPV em meses em que não houver vendas, você estará reduzindo indevidamente a base tributável, e terá problemas.
Já para as outras formas de tributação, acredito que não haja impacto. Mas independente disto, há uma regra contábil a ser seguida.