Beleza, então vamos lá!
Vamos trabalhar com números hipotéticos e depois que você pegar o conceito poderá aplicar ao seu caso.
Digamos que a empresa incorporada apresente os seguintes saldos na data da incorporação:
Caixa e equivalentes....................R$ 25.000,00
Clientes........................................R$ 25.000,00
Imobilizado...................................R$ 50.000,00
Ativos totais................................R$ 100.000,00
Fornecedores...............................R$ 10.000,00
Empréstimos..................................R$ 5.000,00
Passivos totais.............................R$ 15.000,00
Patrimônio líquido.......................R$ 85.000,00
Considerando que a empresa incorporadora possui 99,80% das ações da incorporada e considerando que vocês seguiram as regras contábeis e reconheceram as equivalências patrimoniais sobre o resultado ao longo dos anos, vocês deverão ter na conta de investimento o saldo de R$ 84.830,00 (R$ 85.000,00 x 99,80%).
Os lançamentos da incorporação na incorporadora serão os seguintes:
D - Caixa e equivalentes -> R$ 25.000,00
D - Clientes -> R$ 25.000,00
D - Imobilizado -> R$ 50.000,00
C - Conta transitória de incorporação -> R$ 100.000,00 (histórico: incorporação dos ativos da empresa Alfa S/A)
C - Fornecedores -> R$ 10.000,00
C - Empréstimos -> R$ 5.000,00
D - Conta transitória de incorporação -> R$ 15.000,00 (histórico: incorporação dos passivos da empresa Alfa S/A)
Agora você deverá baixar o saldo do investimento na empresa Alfa, já que ela deixou de existir como uma pessoa jurídica distinta:
D - Conta transitória de incorporação -> R$ 84.830,00
C - Investimento Cia Alfa S/A -> R$ 84.830,00
Com isto, resta uma pequena diferença de R$ 170,00 que é a parcela do minoritário de Alfa que foi incorporada à sua empresa, pois, você há de concordar que que você trocou um investimento de R$ 84.830,00 por ativos líquidos no montante de R$ 85.000,00. Esta diferença será incorporada ao Capital Social com o lançamento abaixo:
D - Conta transitória de incorporação -> R$ 170,00
C - Capital Social -> R$ 170,00
É isso.
Espero ter ajudado.