Bom dia, Cida Pereira!
Vamos por partes: precisamos segregar os casos, pois cada um demanda uma ação distinta.
Logo, são eles:
a) Aquisições para industrialização: é preciso verificar como estava sendo apresentando o inventário anual ao Fisco da localidade da sua cliente, acompanhando, inclusive, se estavam devidamente registradas as transformações de matéria-prima e insumos em produtos acabados. Posteriormente, verificar também como era realizado esse controle dos estoques quando da operação de venda da produção do estabelecimento;
b) Aquisições para comercialização: supondo que a indústria na qual o trabalho esteja sendo realizado aglutine em suas operações comerciais as vendas de produtos acabados adquiridos de terceiros (em alguns ramos de atividade, até mesmo parte dos insumos podem ser revendidos para outras empresas), essas operações precisam ser rigorosamente auditadas e verificadas nas apresentações anuais de inventário ao Fisco. Ressalta-se que existe inclusive uma distinção de CFOP para as operações deste item, adversa daquelas do item supracitado.
Nota: Para os dois fatos acima, acredito que a empresa tenha que dar prioridade absoluta no que tange a solução e planejamento corretivo a ser tomado para os processos futuros. Quanto a emissão de documentos fiscais para balizar as operações de venda (seja da produção do estabelecimento ou das mercadorias acabadas recebidas de terceiros), é redundante destacar que é obrigatória a emissão de documento fiscal idôneo.
c) Aquisições para uso e consumo: do ponto de vista contábil, salientado por ti, esse controle parece estar feito. Para as questões fiscais, é importante que estes itens sejam também demonstrados no inventário anual. Porém, mais que isso, é a correta escrituração das operações de aquisição deste tipo esteja sendo devidamente realizada e apresentada aos órgãos fiscalizadores. Atendendo a esse quesito, não há necessidade de emissão de documento fiscal, salvo para as perdas ou extravios ocorridos;
d) Aquisições de bens para o ativo imobilizado e/ou intangível: uma vez corretamente escrituradas, as aquisições para ativo imobilizado (AI) precisam de um acompanhamento rígido de suas questões inerentes a depreciação fiscal, para correto aproveitamento das despesas de depreciação ou afins e de créditos fiscais durante sua vida útil legalmente aceita pelos órgãos fiscalizadores. A não ser que, no decorrer desta vida útil, haja eventualmente alguma operação de repasse deste AI - que se torna uma alienação, por consequência devendo sim ser acobertada por documento fiscal -, uma vez que sua depreciação, amortização ou exaustão seja consumada, não há necessidade de se emitir documento fiscal para esse fim, devendo apenas a contabilização ser encerrada com a liquidação do saldo deste AI (no seu caso, os computadores) em sua respectiva cota contábil.
Como não possuo maiores informações de sua empresa cliente, tais como regime tributário, porte ou necessidade de controle de informações, segue a orientação geral: é sempre melhor ter um colaborador especialista com condições técnicas de desempenhar estas atividades, pois o custo-benefício é absurdamente favorável, uma vez que todo o controle esteja implementado - é certo que o porte da empresa é fator relevante nesta decisão
Espero ter ajudado!