Oi,
A bonificação nesses casos não é entregue como forma de reduzir o custo da compra (mesmo você sendo prestador de serviço)?
Vejo dessa forma, e assim reduziria o custo da compra (você tem mais em estoque pelo mesmo preço de compra) que originou a bonificação e não registrar isso como receita e entregar esse valor para tributação.
A única solução que vi até hoje, foi a que eu cheguei:
Considerando que o custo das mercadorias vendidas sejam encontrados da seguinte forma: CMV= Estoque inicial+compras-estoque final, a compra de mercadorias é diretamente proporcional ao CMV, quanto maior a compra maior será o custo quando for atribuído o mesmo valor de estoque final. Então, se você simplesmente não registrar a bonificação e sim apenas a compra principal, você tem o seu CMV reduzido.
Se alguém faz de forme diferente ou se a minha estiver errada, avise por favor.