Emissão boleto bancário

Boa tarde,
Trabalho numa empresa que desenvolve software na área contábil e surgiu uma dúvida. Nós temos um sistema que gerencia escritórios contábeis. Nesse sistema eu posso emitir NFS-e e gerar boletos de cobrança. Porém nosso sistema permite emitir o boleto antes de emitir a NFS-e. Caso a nota fiscal de serviço tenha retenção de impostos federais, o valor desses impostos serão deduzidos do total da nota, mas como fica o boleto bancário? Tenho que emitir ele com o valor bruto? Ou tenho que já fazer o cálculo dos impostos e emitir o valor liquido, mesmo que eu não tenha certeza que o prestador emitirá a nota fiscal de serviço depois?
Obrigada pela atenção! Aguardo retorno.

Greice,

A princípio o valor do boleto deve configurar o valor (líquido) a ser cobrado do cliente, bem como baseado em um documento legal (nota fiscal, contrato de prestação de serviço, contrato de locação, etc...). A emissão do boleto com valor diverso do documento legal ou sem base, poderá implicar em nulidade do documento. Sugiro que faça a emissão exclusivamente baseado na nota fiscal, neste caso.