Marcelo
Pode retificar, não haverá multa
Veja o texto tirado do próprio site da Receita http://sped.rfb.gov.br/pagina/show/2021
"Publicado em 24/06/2016
Esclarecimentos sobre a retificação da ECD
O sistema logo implementará o Decreto 8683/2016, quando haverá alteração nas condições de retificação. Tal ainda não foi realizado, assim como não houve ainda a nova regulamentação.
Enquanto não ocorrer a alteração, as retificações podem ser efetuadas normalmente. Não há multa em relação à escrituração retificada.
Para ajuda na retificação, verifique o item 1.12. Substituição do Livro Digital Transmitido do Manual da ECD.
Lembre-se de que o campo 14 IND_FIN_ESC (finalidade da escrituração substituta) do registro 0000 da escrituração deve ser 1 ou 2 (dependendo da escrituração ter NIRE -1- ou não -2) e o campo 15 COD_HASH_SUB do registro 0000 da escrituração deve conter o hash do livro a ser substituído . "
Espero que tenha ajudado.
Estou tendo problema com a ECD e ECF de uma empresa que fez incorporação, se você conhecer alguém que passou por isso pode me avisar.
Abraço