Bom dia Silvia
Não existem normas legais onde tragam a regulamentação a respeito deste assunto.
Entretanto, por orientação verbal da Secretaria da Receita Federal de nossa Região Fiscal, o valor total da nota fiscal deve ser o valor bruto pela prestação de serviços, uma vez que é sobre este valor que deverão incidir os tributos independentemente de eventuais retenções.
Isto porque a retenção é uma mera informação onde não influencia no valor da receita auferida pelo prestador de serviços, assim como não influencia o valor da despesa do contratante.
Há, contudo, uma vertente que prefere que sejam descontados (já na NFS) todos os impostos retidos, o que não deixa de ser de certa forma bastante prático. O inconveniente fica por conta do cuidado que deve ter (no final do mês) ao se tomar os valores para o cálculo dos impostos incidentes. Estes devem ser os valores totais brutos e não os líquidos.
De qualquer maneira as anotações (do cálculos dos impostos incidentes) em ambos os casos são obrigatórias