cpom - não pagar o iss

Olá....
Nossa empresa presta serviços no Brasil inteiro e recebemos nf´s de diversos fornecedores que terceirizamos alguns serviços.
Estamos no Lucro presumido.
Ao recebermos essas NF´s de outro município tem a bi tributação, muitas vezes a empresa que está emitindo a nf não tem meios de cadastrar no cpom e temos que pagar o ISS.

Minha dúvida é, como fugir dessa tributação?

As nf´s eletronicas de outro municipios estamos pagando novamente o ISS, mas as manuais nao estamos pagando.
O que vocês acham desse risco?

Sei que o ideal seria todos fornecedores estarem cadastrados, porem são muitos e o cadastro é demorado.