Boa Tarde!
Vc não precisa emitir nota fiscal para acertar essa operação. Neste caso, vc pode "requisitar" o item do estoque e debitar uma conta contábil de material de consumo. Esta conta pode ser diferente no seu plano de contas, se for vc mesmo que faz estoque, deverá emitir uma requisição para a baixa do estoque de prod. para revenda.
Com relação a tributação, vc deverá estornar o crédito do ICMS referente as quantidades que vc baixou, no Livro de Apuração do ICMS, no campo 003-Estorno de crédito e mencionará como histórico "Art.67, inciso V do RICMS/SP" , agora eu vi que vc está no Estado de Goiás, verifique no regulamento do ICMS sobre o estorno , se não conseguir, posso consultar pra vc.
Darci