patrimonio de afetação ret

Bom dia meus caros,
Estou trabalhando em uma empresa onde um dos seus empreendimentos é patrimônio de afetação e consequentemente submetido ao RET com alícota 4% .
Analisando suas notas fiscais de compras de matérias para a obra percebi que que elas estavam com CNPJ do patrimônio afetado, gostaria de saber se isso está correto?
Meu entendimento é de que o CNPJ que é criado para o patrimônio de afetação é somente para fins de arrecadação do imposto (RET), todas as compras de materiais para essa obra deveriam estar no CNPJ da empresa matriz.
Me ajudem por favor.