Escrituracao em Prefeituras

Bom Dia

Eu tenho uma empresa do Lucro Real situada em Barueri.
Minha duvida [e com relação a escrituração das notas de serviços tomados pela empresa, todos os servicos
tomados devem ser escriturados na prefeitura ou apenas aqueles que cabem a retenção do ISSQN.

Obrigado
Alex Ribeiro